这首诗描绘了飞来寺的静谧与壮丽景象，诗人郭棐在重游此地时，被寺中清幽的环境深深吸引。首联“寺当南北二禺间，今日重游次第攀”，点明了飞来寺的位置，以及诗人再次造访的情景。颔联“尘净禅房僧入定，月明仙境鹤空还”描绘了禅房的清净与僧人的冥想状态，以及月光下仙气飘渺的景象，鹤的归来更添了几分神秘与宁静。颈联“山光满座云藏寺，峡影奔湍水倒湾”则展现了山色与云雾交织的美景，以及峡谷中水流湍急的动态画面，形成了一幅动静结合的山水画卷。尾联“赏兴未穷青未了，数声钟磬隔人寰”表达了诗人对美景的无限欣赏之情，以及在钟磬声中与世隔绝的心境，让人感受到一种超脱尘世的宁静与美好。整首诗通过细腻的笔触，展现了飞来寺独特的自然风光和宗教氛围，传达出诗人对自然之美的深刻感悟和心灵的净化之旅。
