这首诗描绘了石洞与云的自然互动，充满了哲理意味和禅宗思想。通过“石洞出云根，触肤云自至”，诗人巧妙地将石洞比作云的根源，暗示着自然界的循环不息，云朵仿佛自然而然地从石洞中涌出，接触肌肤，即刻带来云雾缭绕的景象。这种描述不仅展现了自然景观的美妙，更蕴含了人与自然和谐共处的哲学思考。
接着，“壁垒虽怒飞，只作等閒事”一句，进一步深化了主题。这里的“壁垒”可以理解为自然界中的障碍或限制，但即使这些看似强大的力量（如山峰、岩石等）试图阻挡云的流动，最终也只是被视作寻常之事。这不仅是对自然现象的描述，更是对人生哲理的深刻揭示——无论遇到多大的困难或挑战，只要保持平和的心态，就能以一种超然的态度面对，化险为夷，让生活中的“云”自由自在地飘过。
整体而言，这首诗通过简练的语言，表达了对自然之美的欣赏以及对人生智慧的探索，体现了董其昌作为文人画家的独特审美情趣和哲学思考。
